自2005年至今，我国已建成国家级海洋特别保护区（国家海洋公园）67处。特别是2010年以来，有关部门出台了《海洋特别保护区管理办法》等一系列制度性文件，为改善海洋生态环境奠定了良好基础，为具有特殊地理条件、生态系统、生物与非生物资源及海洋开发利用特殊需要的区域提供了保护与修复措施。但是，海洋特别保护区建设和管理仍面临一些问题：

一是管理水平仍然较低。各地经济实力和人才资源存在差距,各保护区建立时间长短不一、管理水平参差不齐,有的仍停留在简单的看护水平上,有的存在保护区内码头、养殖池塘等滥建现象，违背了“保护优先、适度利用”的原则。同时,特别保护区大多远离陆地,生活条件艰苦，人员编制不足，管理人员专业素质低、专业人员所占比例少,部分特别保护区内部管理比较混乱。

二是经费保障不力。相对陆地上的保护区而言，海洋保护区管理难度更大、成本更高，在基础设施、科研水平等方面需要更大强度的投入。但是，目前海洋特别保护区资金保障不足，日常保护工作尚且受到影响，基础性、前瞻性、综合性研究和保护就更加难以升级提质。

三是管理法规和机制不健全。总体而言，海洋特别保护区相关地方性法律法规体系建设仍处于较滞后的状态，国家级海洋特别保护区管理细则尚处空白状态，有的省市甚至还没有针对性的政策法规，国家相关规定难以“向下延伸”，不利于科学规划和有效管理。

四是科技支撑不足。如，海洋特保护区环境监测只停留在常规平面监测，对RS和GIS等立体监测手段应用不足。对相关科研单位形成的保护区研究成果未能有效整合，缺少完善的纵深监测手段。缺少生态预警评价指标、分级管理方案和确定保护红线等相关措施。监测队伍常规重复性监测较多，分工协调的管理机制尚未形成，极大影响科研成果整合应用和科技支撑效果发挥。

为此，建议：

一是加强管理能力建设。综合采取多种措施，如组织提供更多专业培训、建立保护区与高校和科研院所合作机制等，提升保护区管理人员业务素质和综合管理能力。适时适当增加编制数量或优化编制结构，吸收更多的高校优秀毕业生到保护区工作。扩大“绿盾”专项行动范围，严格排查清理特别保护区非法建筑。

二是加强资金保障。建立保护区专项资金,积极拓展资金来源,按照相关责权分别用于保护区建设、保护、管理、人员培训和相关科学研究。加快建立生态补偿机制,解决生态保护资金投入不足的问题。充分研究有效利用环境保护相关国际基金、非政府组织力量的途径和形式，以我为主、加强合作，引入资金、输出成果，不断增强我国在海洋生态环保领域的影响力和话语权，鼓励和吸引民间资本投资生态保护。

三是完善管理法规和机制。加快建立海洋特别保护区标准体系和工作规范,包括生物多样性评价标准、外来入侵物种环境风险评估标准、生态旅游标准和保护区工作规范。加快制定海洋特别保护区地方性法规。以高水平、科学化管理为出发点，加快督促各保护区制定本保护区的管理细则。建立动态管理机制,定期开展特别保护区质量和管理能力评估,形成与之相应的警示警告和升降级制度。建立特别保护区的绩效评估制度,通过特别保护区的环境状态评估保护区的管理绩效,提高管理的规范化和标准化水平。

四是加强科技支撑。多措并举加强海洋保护相关领域的基础调查、监测、评价能力建设，整合利用各部门和相关机构的信息和研究成果。布设海洋环境监测站点,建立完善的监测网络,充分利用遥感和卫星图片等数据信息对海洋生态环境质量进行评估,并向社会公布评价结果。制定生态预警评价指标、分级管理方案，确定保护红线,采取适宜技术手段对海洋生态系统的演化趋势进行预测评价。