近年来，中共中央、国务院和流域各省市党委与政府高度重视三峡库区及其上游流域水环境安全，持续加大防治力度，防治能力得以提高，并取得了较好成效。干流水质监测断面连续五年保持在Ⅱ类及以上水质，流域内城市（县级市以上）集中式饮用水水源地监测断面达标率为92.8%、乡镇为96%，城镇生活污水、工业污水、生活垃圾无害化处理率分别达到70%、80%、80%。长江干流水环境恶化的趋势得到一定程度的遏制。各地反映，水污染防治之所以取得成效，中央支持是前提、制度完善是根本、持续投入是保障、科技创新是支撑，已有的经验值得推广。
三峡库区及其上游流域水污染防治是一项长期的系统工程，涉及领域多，波及范围广，工作难度大，仍面临着一些重大问题。
一、生态与经济的特殊性制约水污染防治力度
一是生态环境退化严重。三峡库区及其上游流域处于我国地形第一阶梯向第二、第三阶梯过度地带，山高坡陡，地形破碎，山地丘陵超过90%，生态环境演化较快。由于历史上开发程度较高，导致水土流失严重、森林覆盖下降、自然灾害发生频繁等生态环境问题突出。仅重庆市水土流失面积5.2万平方公里，年均土壤侵蚀量约为2.2亿吨，对水环境保护带来很大的影响。二是人地矛盾突出。该流域是我国人口的重要聚居区，特别是库区腹地，人口密度高达359人/平方公里，是全国人口密度的2.6倍，人均耕地1.1亩，其中坡耕地约40%，超出环境的合理承载力。三是发展水平滞后。流域是我国贫困人口最集中、贫困程度最高、脱贫致富难度最大的区域之一，普遍处于欠发达阶段，区域内人均GDP、可支配收入、财政收入均低于全国平均水平。流域还是我国少数民族聚居地，少数民族人口达2130万，占全国少数民族人口总数的23％。地方财政投入水污染防治的能力严重不足。
二、经济快速发展对水环境安全带来新的挑战
一是流域水力资源开发的影响。已建、在建和纳入规划的梯级水电站建成后，将导致江河水库化、渠道化程度增高，水体自净能力减弱，环境容量降低，同量污染物造成的污染程度加剧。二是矿产资源开发的影响。该流域是我国重要的矿产资源富集区，长期粗放的开发，导致流域水体产生磷、汞、锰等污染问题。例如，贵州省磷矿开发每年产生各类固体废弃物1000万吨左右，其中无害化处理的仅50%左右，其余全部进入各级水体。三是粗放式工业加剧水污染。由于工业生产技术和工艺水平不高，导致单位工业产值污染排放率较高。据估算，该流域单位工业增加值的废水、化学需氧量、氨氮、二氧化硫排放量分别是全国平均水平的 1.8倍、1.3倍、1.7倍和1.9倍，若以近年来规模工业20%左右增速发展，如不采取有效措施，流域水污染风险将会进一步加剧。四是农业面源污染成为三峡水库富营养化的首要风险。相关研究及实际案例表明，湖泊型水体最大的生态威胁是富营养化发生迅速，危害巨大，治理困难（如滇池、太湖等），而农业面源污染对自然水体富营养化污染的贡献占总量的三分之二左右。随着农村社会结构、生活方式和耕作方式的转变，对化肥、农药等投入更加依赖，农业面源污染日渐加剧。当前，三峡库区年化肥使用量约为64.5万吨，施用强度是安全水平的2.1倍、全国平均水平的1.2倍，其中60%流失到环境中；年农药使用量约达3.2 万吨，施用强度是全国平均水平的1.7倍，其中90%流失到环境中。此外，农村生活垃圾、生活污水、禽畜养殖粪便大量未处理排放，并以每年10%左右的速度递增，若不加以控制、治理，未来农业面源污染将更为突出。五是城镇快速扩张超过水污染治理能力。近年来，流域城镇化步伐加快，部分地区城镇化率年均增速甚至达到3%，超过环保设施建设和运行的支撑能力，给水污染防治带来严峻挑战。据调查，约25%的新城区、工业园区，没有同步建设污水处理设施，部分新建设施由于缺乏长效投入机制未能正常运转，成为水污染防治的薄弱环节。
三、管理体制不协调
一是流域污染防控治理的整体性与行政管理的属地化运作模式难以兼容。不同行政区域之间、上下游之间、中央和地方之间水污染防治职责不清，事权不明，经常因跨行政区的污染防控治理权责归属各执一词，难以统筹协调。例如，贵州境内29条交界河流中有26条为出境河流，上游排出的废水导致下游跨界水体断面水质超标，时常引起有关各方纠纷。二是由于缺乏明晰的法律规定和司法解释，水污染防治“投资者受益，污染者治理”原则在实践中相互矛盾，对水污染防治的责任主体难以落实。三是多个行政部门涉及到对水污染防治的监管，而现有法规难以对各个部门的权责既明晰划分又有机衔接，因此，管理中“越位”、“缺位”、“错位”等情况普遍存在。
四、机制建设不完善
一是水污染防治的相关规划不协调。《水法》与《水污染防治法》在流域综合规划和专业规划内容中相互交叉；《水法》规定水利部门核定纳污总量，《水污染防治法》却要求环保部门编制排污总量控制计划。目前，还没有一个科学的、系统的、综合的高层次规划，实现流域国民经济与社会发展规划、城乡建设规划、土地利用规划和环境保护规划等规划的相互叠合和统筹协调。二是投入机制有偏差。不仅生态环保投入跟不上建设发展的实际需要，而且在投入方向上不合理：治理投入多、预防投入少，点源污染投入多、面源污染投入少，项目建设投入多、运营管理投入少，工业城镇投入多、农业农村投入少。95%的资金投向工业和城镇等点源污染防治，占污染物产生总量30%以上的农业面源污染防治仅得到5%左右的投入，从而对流域水体产生60%左右的污染贡献。同时，由于污水处理设施运营费“以补促提”政策在“十一五”末停止，仅靠收费难以支付实际污水处理成本，已建污水处理设施运转困难现象普遍，尤其乡镇的资金缺口问题更为严重。
五、科技支撑力不强
一是对水环境变化态势认识不足。随着长江上游水力资源开发及工业化、城镇化加快，流域生态形势发生了重大改变。目前，尚未对水环境演变趋势和机理进行系统而深入的研究，对环境风险的评估、预测的基础资料及能力不足。二是监测体系不健全，本底数据不清晰。目前，水质监测系统存在监测范围窄、内容少、频次低、方法单一、手段落后等问题，与环境监督及科学化管理要求不适应，缺乏动态的、持续的、系统的环境监测数据，与环境监督及科学管理要求不适应。三是流域水污染防治技术能力有待提升。科技积累不足，针对水污染防治技术的原始创新和集成创新不够，高效适用型污水处理技术较为欠缺。四是水污染防治标准体系亟待更新。现有水环境质量和污染物排放标准体系形成时期较早，要求较为宽松，不适应三峡库区及其上游流域已经发生变化的生态威胁，难以适应严峻的水污染防治形势。
解决三峡库区及其上游流域水污染防治问题，需要切实转变发展观念、走绿色发展道路，需要强化体制机制建设、加强制度的保障作用，需要不断推进科学研究和技术进步、强化科技的支撑作用，统筹兼顾、标本兼治。为此建议，以落实十八大关于加强生态文明建设的重大战略部署为契机，尽快实施三峡库区及其上游流域水污染防治重大工程，以持续保障流域水环境安全。