全国政协委员、九三学社中央委员、中国科学院院士王志新在9月6日全国政协举行的专题协商会上说，国家中长期科技发展规划纲要从理论框架上看已经比较完善了。但对于如何实施这一规划，无论从宏观设计层面上，还是从微观操作层面上，都存在很多问题。由于各单位、各部门的领导在观念上存在差异，或是涉及到一些部门、单位利益，许多很好的改革方案都不能得到有效落实。因此，当务之急是尽快成立一个有实权的国务院科技办公室，直属国务院科技领导小组。科技办公室主要负责全国的科技发展规划，制定相关科技政策，根据国家需要和各个领域科技发展情况，组织科技部、教育部、卫生部、中国科学院等有关部门和单位，确定每一阶段各部门、各单位和各领域经费划拨比例，向国务院提出科技经费分配方案，监督考核发改委、科技部、科学院、教育部、基金委以及有关部委在科技经费使用方面的合理性以及效率。

例如：“中长期科技发展规划”提出要建立一个蛋白质科学平台，总投资大约11亿元人民币。去年底，中国科学院首先提出要在北京生物物理研究所建立这个平台；紧接着，总后勤部和教育部又于今年初联合提出申请，要在北京上地科技园和上海复旦建立两个平台；最近，又有消息说上海张江科技园区也将建立一个平台。由此可见，对于为什么要建立这样一个平台，建立这个平台的目的、作用以及地点等问题从一开始就没有一个明确的规划。我曾就此问题问过科技部的一位领导同志。他回答说，如果不提出这样一个大平台概念，国家就不会给生命科学投这么多钱。实际上，我国的生命科学无论在人才储备、科研水平和科研投入上都与国外相差得很远，因此，国家应该加强对生命科学研究的投入。但是，目前生命科学研究基本模式是由许许多多科学家或科学家小组以独立的、分散的方式进行的。生命科学包括蛋白质科学的研究方式既不同于高能物理那样需要加速器这样庞大、集中的设备，也不象研制大型飞机项目那样需要集中大量人力物力共同攻关的工程化管理。国内外许多科学家都曾向发改委提出蛋白质平台不应该集中建在一个地方的意见。但发改委认为根据国家建立科学平台的要求，蛋白质科学平台只能集中建设在一个地方。有国外同仁说，这11亿元人民币用于购置哈佛、麻省理工、普林斯顿等几所美国顶尖科研大学所有的生命科学仪器设备都绰绰有余。因此，如果要建立蛋白质科学平台，至少应该在北京和上海两地各建一个。总之，适当分散的投入才能达到有效使用这笔资金的目的。