我国治水成本不断增加，水体环境不断恶化，各种水患灾害频发、危害加重。治水已成为我国政府面临的重大问题。我国现行的分级分块分部门的治水体制是造成上述状况的重要原因之一。水质、水量及开发利用分属不同部门、不同级别的政府管理，人为割断了水系和水质的联系。九三学社中央经过调研后认为，根据水系规律，实行全流域综合治理，减少制约因素，统一治理方案的制定、实施、资金保障和检查监督，是变水患为水利的必要之举。 

九三学社中央就此提出三点建议。一是管理上变分散为统一。凡涉及水环境治理、水质管理、水资源开发利用及水患灾害处置等事项，应集中于一个水务部门，消除多部门管理的混乱局面，防止地方为了自身利益，盲目占用和浪费水资源、破坏水环境的现象发生。二是依据水系流域范围大小确定治水权限。流域跨省、区的水系，管理权归国务院，如五大水系和五大淡水湖泊；一省内流域跨县、市的水系，管理权集中于省一级，保证水系的统筹规划和综合治理。三是治水资金统筹使用。从而一方面从根本上解决因地区财力差异造成治水步调不一致的问题，另一方面避免下流治、上游污，保证治水的综合效益，实现水资源的公平分配和水环境的综合治理，增强抵御和处置灾害的能力。