9月16日上午，2006中国科协年会在北京人民大会堂隆重开幕。中共中央政治局委员、全国人大常委会副委员长王兆国代表中共中央向辛勤工作在科技战线的广大科技工作者致以亲切的问候和崇高的敬意。他指出，贯彻落实科学发展观，实现全面建设小康社会的宏伟目标，必须充分发挥科学技术的第一生产力作用，大力发展科技事业。各级科协组织和广大科技工作者要充分发挥学术交流对自主创新的促进作用，把开展学术交流与进行科学前沿的探索活动结合起来，与解决我国发展中的重大问题结合起来，与发现培养创新人才结合起来。要充分发挥科普主力军的作用，以向全社会普及科学知识为已任，以培育创新文化为目标，以未成年人、农民、城镇劳动人口、领导干部和公务员为重点，大力提高公民的科学素质和创新意识。要充分发挥科技社团的桥梁纽带作用，努力构建面向科技工作者的服务体系，团结动员广大科技工作者，积极开展建言献策、专家论证、决策咨询等活动，依法参与科技工作和社会事务管理，促进我国经济社会协调发展。

中共中央政治局委员、北京市委书记刘琪，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥，全国人大常委会副委员长、九三学社中央主席、中国科协主席韩启德，全国政协副主席、中国工程院院长徐匡迪，中国科协名誉主席周光召，北京市市长王岐山出席开幕式。开幕式由中国科协副主席、书记处第一书记邓楠主持。

开幕式上颁发了中国科协“求是杰出青年奖”和香港求是科技基金会“求是杰出科学家奖”。开幕式结束后，徐匡迪、王岐山、著名物理学家、诺贝尔奖获得者丁肇中以及中国科协副主席、华中农业大学教授张启发分别作了报告。

著名物理学家、诺贝尔奖获得者杨振宁以及来自全国各地各学科领域科研、生产、教学第一线的科技工作者和科技企业家6000余人出席开幕式，其中包括190余位中国科学院、中国工程院院士。

中国科协的学术年会制度始于1999年，主要目的是通过组织综合性、跨学科、跨地域、系列性的学术交流活动，促进学科交叉融合，促进科技与经济的结合，促进经济与社会协调发展，推动形成尊重知识、尊重劳动、尊重人才、尊重创造的社会风尚。近年来，每年一届的学术年会已经成为中国科协举办的最重要学术活动之一，具有规模大、层次高、综合性和开放性的突出特点，产生了广泛的社会影响。本届年会共设专题分会场15个，每个专题分会场下设若干单元会场，共计54个单元会场。专题分会场学术交流活动主要集中安排在9月16日下午和17日全天（个别分会场延长到18日），共计146个项目单元。目前，录用论文2081篇，预计到会人数2000人左右。结合全国科普日活动，今年年会还组织安排了健康生活进社区活动、趣味科普活动进校园、“大手拉小手——科技专家进百校”、 “节能在我身边——青少年科学调查体验活动”等8个系列、170多项科普活动。