为加强公益性研究，从2001年开始，国家针对当时我国公益类科研机构分类不清、重复设置、冗员多等情况，对包括农业、卫生、资源环境等在内的公益类科研机构在减少机构、分流人员、保留精干队伍、加大政府支持力度的基础上进行了改革。从实践来说，改革的大方向是正确的，取得了可喜的成效，但也存在着许多问题，主要有以下几个方面。

一是改革过程中对公益类和非公益类院所的确定缺乏科学的标准，存在一些随意性，致使一些转制院所在定位上出现问题。以农科院为例，按照当初要求中国农科院一半的科研院所转为企业的硬性规定，农科院的原31个研究所有l2个拟定转制为企业，4个研究所转制为农业事业单位，4个研究所进入了大学。但这12个拟转企所如中国农业科学院兰州兽医研究所、农产品加工研究等具有明显的公益性质。农业机械化研究所、农田灌溉研究所、农业质量标准与检测技术研究所等4个转制为农业事业单位的科研机构，也主要是进行公益性研究，不具备农业事业单位的特征。将这些在国民经济发展中发挥着重要公益性作用的研究所转制为企业，会一定程度上减弱国家农业科研整体创新能力和对农村经济发展的科研支撑能力。二是科研经费结构存在问题。近年来，随着国家对科研投入的增加，对公益类的科研经费的支持有了较大增长，但主要是科技项目经费增长很快，但事业费基本没有增加，导致事业费严重不足，相当多的研究所运转困难。根据调查，目前公益类科研院所由财政拨付的事业费（运行费）仅占实际发生费用的30%左右，一方面是事业费严重不足，另一方面是科研经费不准用于人员费，这使得事业单位性质的科研院所处于难以运转的境地。许多公益类研究机构迫于创收的压力，不得不从事与自身职能和特点不相称的各种经营性活动。同时，现行的以项目为主的拨款制度实际上是从科研机构事业费中切一块向上流动，然后通过计划、基金或研究项目经费下拨。其结果是，一方面加大了上级主管部门分配经费的决策权，缩小了科研院所在资金投向方面的决策权；另一方面，科研人员必须不断地申请和争取课题和项目，难以形成成果积累，使基础性、长远性的重大研究项目难以开展，影响了科研人才的培养和成长。三是人员编制规定不合理。在改革过程中，按照规定，公益性研究院所科研人员的编制(即创新编制)不得超过原有人员的30%，创新人员的必须具有高级职称，且没有科研辅助人员的编制。这种不加区分的“一刀切”的规定在许多情况下与实际需要不适宜。如农科院核定的非营利性科研机构创新编制2852人，远低于美国国家农业研究局8100人、法国国家农业科学院的8600人、印度农业研究委员会的7000人，难以支撑新时期国家农业科技发展的战略目标。四是缺乏改革配套措施。最为突出的问题是离退休人员的社会保障问题得不到妥善解决，难以加入地方社会保障体系。此外，职工住房补贴、富余人员的安置等问题也难以得到解决，影响了转制院所的改革和发展。

公益类科学研究与技术开发有的属于关系国计民生的基础产业，如农业等；有的直接关系国民的健康，如医疗卫生等；有的则是经济社会发展的重要支撑，如资源开发与利用、生态环境等。加强公益类科研院所的建设，发挥科技在社会发展中的支撑作用，是转变发展方式、实现经济社会全面发展的迫切需要。为此，必须进一步深化我国公益类科研院所改革，我们建议：

一是对科研院所的职能定位进行梳理，科学划分公益类和非公益类科研机构，将主要承担公益性研究和行业服务的院所重新划入公益类院所。

二是继续按照整合科技资源、减少机构的原则对公益类科研机构进行合理布局，以解决长期以来存在的科研机构设置分散、专业趋同、整体效益低下等问题。

三是继续按照分流人员、保留精干的原则，解决一些研究机构冗员太多的问题，同时应根据需要和院所实际情况合理确定人员编制，增加农业、医疗卫生、资源环境等关系民生和经济基础院所的编制，并设置科研辅助人员的编制。

四是建立现代科研院所的管理体制和运行机制，包括建立现代科研院所的治理结构，如理事会、监事会，院所长负责制和首席科学家负责制等；建立固定科研人员与外聘人员、人员合理流动和竞争上岗相结合的用人制度；确立科学合理的业绩考评制度等。

五是改变现行的拨款制度。大大增加事业经费，科研人员的工资和福利待遇应比照公务员执行；包括人员工资和福利在内的院所运行费全部由国家财政足额拨付。

六是采取切实有效的措施，解决转制院所人员的社会保障问题，解决好离退休人员待遇和社会化管理问题，并妥善解决富余人员分流、历史债务清偿等问题。