目前，管理科研经费的部门主要有国家发改委、科技部、科学院、教育部、自然科学基金委以及一些相关部委，这些部门各自为政，导致科研经费不能合理有效地使用。对此，九三学社中央委员、中国科学院院士、清华大学教授王志新认为，进行科技体制改革，首先要改革科研经费管理模式。
王志新认为，科研经费总体上可以划分为基础研究、应用基础研究以及应用研究三部分。基础研究经费由自然科学基金委管理，主要投入到研究型高校，用于稳定一支高水平的科学家队伍和培养各个领域、行业所需的高级专业人才。可以根据研究生教育和培养高层次人才的需要确定基础研究经费在整个R&D中所占的比例。例如，在生命科学领域，美国培养一个博士研究生每年需要大约50万元人民币，香港约为30万―40万元人民币。假定我国在校生命科学博士研究生为2万人，每人以10万元人民币计算，则每年需要20亿元人民币。此外，研究生导师的工资和管理费约需10亿元人民币/年。因此，每年在生命科学领域的基础科研经费投入应为30亿元人民币左右。以此类推，就可以计算出我国基础研究每年所需的总经费。根据其他国家的经验，这部分经费应占整个R&D的15%至20%。应用基础研究经费应由隶属于科学院和相关各部委的国家实验室进行管理，主要通过招投标方式，组织研究院、所以及高等院校的科研人员，对一些国家需求和生产实践中所提出的重大问题进行科技攻关。虽然应用基础研究目标明确，但不能马上产生经济效益，企业往往不能或不愿对这类研究投入较多的时间和经费，其经费来源仍以国家财政为主。应用研究经费应由国务院相关部委负责管理，主要支持大、中型企业进行研发。由于应用研究与生产、市场密切相关，企业就成为应用研究的主体。这部分经费不应再投入到高校或其他非营利性研究机构，而应直接投入与生产密切相关的企业，同时促使目前在事业单位从事应用研究的科研人员向企业流动。
王志新对科技和高等教育科研经费的使用提出五点建议。一、为了保证离退休人员的利益以及改革的顺利进行，应将现有的各单位事业费拨款固定，主要用于离退休人员的工资、医疗费以及改革中所遇到的一些问题。现有各单位的事业费基本上是按人员比例拨付，对于大部分上世纪五十年代成立的事业单位来说，这部分经费基本上仅够支付离退休人员的工资和医药费。二、国家用于基础研究、应用基础研究的经费应当统筹规划（包括863、973、科学院知识创新工程、教育部985、大型基础设施平台建设以及各类攻关项目等由国家支出的经费），并将研究生教育经费纳入基础研究经费统一管理，与大、中、小学的教育经费分开。在美国，教授所申请到的科研经费大约有60%―70%是用于支付研究生的学费、奖学金以及博士后工资等费用。三、目前，事业单位机构改革所遇到的最大难题是哪些机构应该撤销，哪些人员应该分流。在科研领域中，可以通过实行新的科研经费管理模式来实现。在研究人员获得科研经费的同时，科研经费管理部门还应该给科研单位匹配相应的管理费，用于科研支撑体系的运行和支付主要固定人员（如课题组长、实验辅助人员、管理人员）的工资。根据国外经验，科研经费与管理费比例通常为2:1。这样，国家不必向任何现有的科研单位另行拨付固定的运行费，一个单位运行费的多少完全取决于其所聘用的研究人员争取到的科研经费的多寡；而且，经过一段时间，争取不到科研经费的单位和人员将自动被淘汰或分流。
一般来说获得终身副教授以上职位的教员同时获得长期聘任合同。进入终身教职系列人员的各项待遇均应高于未进入系列的正教授，包括招收博士研究生资格，全部工资由学校出，不与其申请的经费挂钩。未进入终身教职系列的人员按照现有的合同制聘任，不能获得长期聘任合同。五、成立全新模式的国家实验室和国家工程中心。根据国家需求，负责规划和组织本领域的研究项目，解决具有行业普遍性、全局性的应用基础研究问题，而目前企业不愿承担或无力承担这些基础研究。经费应由财政部全额拨款，由科技办公室组织有关部门及专家对其进行定期评估，并决定下一阶段经费比例。
王志新最后强调，要建立公平、公正、合理的科研经费立项、申请、评审、考核机制。关于这一点，国家自然科学基金委做得比较好，应在实践中继续完善。科技部和其他各部委所管理的经费，如有可能，也应采取基金会的管理模式，避免不公平竞争。
