政府绩效与科研成果关系过于密切，由于缺乏监督以及科学合理的管理制度，一些需要集成的大项目甚至包括一些国家重大专项，正变成“分钱”项目。某种卫星地面接收站，美国只建了16座就已满足需要，而我国4年前就建成30座，据说还可能再建50座。相关专家认为，如分布合理且实现数据共享，全国仅需4到5个这种接收站就够了。由于部门分割、体制封闭、缺乏统筹，使得科技资源共享程度很差。这还只是科技投入效益差的现象之一。对此，九三学社中央在全国政协十一届二次会议上提交提案呼吁，科技投入要重视效益，不能不计血本。

提案说，近年来，我国科技投入持续增长且增幅加大。但科技领域一些不良现象正在严重影响科技投入的产出效益。除了上述现象，科技投入方面存在的问题还有，科研项目“急功近利”现象严重。由于政府部门直接管理项目，使政府绩效与科研成果关系过于密切，对于有“显示度”的项目都去支持，而对于基础性、长周期、风险大的项目则少有问津。造成大多数科学家只能选择易于获得成果的项目，一些特别需要资金支持的基础研究、社会公益类项目则出现“缺位”；一些重大科技项目成为“唐僧肉”，由于缺乏监督以及科学合理的管理制度，一些需要集成的大项目甚至包括一些国家重大专项，正变成“分钱”项目，一些“大牌”专家利用职权，“近亲繁殖”、“投桃报李”，形成科研利益集团，项目、课题因人而设，集成创新中体现真正“集成”的创新性工作反而没人去做；还有:部分青年科研人员不能专心致力科研，由于过于强调市场机制在收入分配上的导向作用，使科研人员收入中基本工资比例太低，为增加收入，科研人员不得不把精力分散于低层次、重复性、甚至非科技性工作中。

在经过包括万份问卷调查在内的调研基础上，九三学社中央的提案建议，建立统揽科技全局的宏观协调管理机制。在国务院科教领导小组领导下，国家科技行政主管部门全面负责国家科技发展战略与规划、科技政策和重大科技计划的制订，统筹协调国家科技投入分配，监督并考核科技投入的合理性及使用效益。在管理项目上，成立若干社会化管理、事业单位性质、分门别类的基金管理委员会负责科研项目的管理，政府部门不直接管理项目，只负责科技投入的规划、计划、使用方向和预算决策。健全多层次的项目监督问责机制。建立科学合理的科研人员薪酬制度，约束高校在编教师和科研院所在编科技人员开办企业，限制兼职时间，使科技工作者安心投入科技攻关和创新。