“我国水电开发事业正蓬勃发展，成绩显著，但与此同时也存在一些问题。这些问题使得我国水电开发受到误解、非议甚至反对，制约了水电事业发展。”九三学社中央在提交全国政协十一届二次会议的《关于深化改革推进水电开发的建议》提案中建议，强化流域水资源综合管理，因地制宜、因时制宜地发展水电，应积极寻找开发水能资源、推动脱贫致富、保护生态环境、增进民族团结和促进区域和谐的结合点，努力构建中央、地方、企业和原住民之间的利益平衡点。

九三学社中央在提案中指出，我国水电开发的问题主要是:流域综合规划滞后甚至缺位，一些企业和地方政府受水电开发利益驱动盲目发展；水电开发权规定不明确，导致抢占资源现象突出；移民安置预期值不断提高以及对移民利益重视不够，导致移民问题成为水电开发制约性因素。

针对问题，九三学社中央在提案中提出3点建议。一是加快流域综合规划编制，改变流域水资源综合管理“地区分割、部门分割、上下分割”的现状，因地制宜、因时制宜地发展水电。二是科学确定重点保护物种和重点保护区域，采取切实技术措施确保重要物种延续，而不是在巨大资源、能源压力下奢谈“原生态”。三是确保资源所在地享有适当的资源受益权。