新农村建设使农民的生产生活方式和精神面貌发生了较大的改观，村容村貌也发生了一定程度变化。但在经济发展的同时，农村生态环境问题日益突出。在全国政协十一届二次会议上，九三学社中央就此提交了提案。

提案指出，面源污染已成为农村重要的污染源。塑料大棚及地膜的长期使用，使残留地膜不断积累在土壤中，破坏了土壤的结构和可耕性。过量施用化肥使地力下降，同时农田径流和侵蚀泥沙挟带污染物进入地表水和地下水，导致水体污染。农村养殖污水处理设施严重滞后，畜禽污染已成为较大污染源。此外，畜禽类屠宰场所均为零散经营，粪便和废水只作简易处理或放任不管。此外还有农作物秸秆焚烧污染等。

提案指出，我国90％的村庄没有标准的排水设施，60％的农民没有卫生厕所，95％的村庄固体垃圾未经任何处理露天堆放，90％以上的规模化养殖场没有污染处理设施。

提案建议，新农村建设不能采取城市集中、大规模和高成本的模式，应当设计适合农村地区分散、小规模和低成本的生态建设模式。建设中优先保障安全饮用水和公共卫生的改善，加快饮水安全工程建设，优先解决高氟、高砷、苦咸、污染水及血吸虫病区的饮水安全问题；针对不同类型水源的净化和安全消毒，重点推广分散、高效、集成的成套饮用水处理技术和设备；引导和帮助农民解决住宅与畜禽圈舍混杂问题，搞好污水、垃圾的治理，应用污水生物、生态处理技术、水体修复技术和面源污染控制技术，推广小型、分散式的生活污水处理技术和设备。