出席全国政协十一届二次会议的全国政协委员、九三学社社员、中国农业科学院土壤肥料研究所研究员黄鸿翔说，改革农业科研体制，建立新的农业科技创新体系，对我国农业科技的发展十分重要。从1999年启动最新一轮改革至今已经10年，取得了一定成绩，如经费增加，条件改善，特别是基础研究得到加强。但现在回过头来看，由于没有经验，准备也不足，所以在实施过程中不可避免地出现了一些问题。出现问题是正常的，但应在改革进程中通过调整予以解决，以保证农业科技事业的稳定与发展。

黄鸿翔说，目前农业科研体制主要存在四个方面的问题。一是盲目精简科研机构与人员。根据每个科研人员平均服务的农民人数及国家农业发展的需要，我国的农业科研机构与人员不是多了，而是少了，但这次改革却只按21.4%的保留比例进行精简。如中国农业科学院在上个世纪60年代就有32个研究机构、7000人，2002年启动改革时也只有39个研究机构和11050个人员编制，增长速度已经很慢（同期全国人口增加近一倍，一些行政机关人员增加4倍甚至更多）。但却只允许作为非营利性科研机构保留18个研究机构和2852个人员编制，12个研究所转为企业，3个转为农业事业单位，4个并入大学。在科研任务大量增长的情况下，这种精简已对我国的农业科研创新能力产生了严重的不利影响。二是忽略了农业科研的公益性特点。改制成企业的研究所不得不把工作重点转移到营利上，即使是作为非营利性科研机构被保留下来的研究所，由于没有考虑农业科研以公益性应用技术及相关应用基础研究为主要方向的特殊要求，全盘套用基础性研究所的管理体制与评估办法，从而不断将科技人员导向实验室，导向SCI论文，而忽视了农村大田，忽视了农村实用技术，影响了为“三农”服务的效果。三是结构体系的完善与运行机制的调整严重滞后。在农业科研体系的建设上，缺乏横向与纵向的统一规划与运作，而在运行机制上，管理权力越来越集中，管理程序越来越繁琐。如经费投入上以项目经费为主，事业费增长缓慢，通常连人员工资也不能保证。烦琐的申请、论证、检查、汇报、评估、验收、鉴定等，使科研人员的负担日益加重，严重影响研究人员特别是项目主持人深入农村生产第一线。四是问题出现后长期拖而不决，既不修订现有的改革方案，也不进行改革成果的验收。

黄鸿翔建议，国务院组织有关部门的管理人员与专家，对改革农业科技体制，建立农业科技创新体系问题进行调研与论证，调整农业科技体制改革方案。在改革方案的调整中，应特别重视与解决如下几个问题。一是农业科研机构如何设立？保留多少研究所和多少研究人员？应该由科研单位根据科研工作的需要来定，不宜由上级下指标。从科学发展的规律来看，学科不断分化，分工越来越细，科研机构设置应该适应学科发展的需求，把研究所越办越大，越办越综合是不利于学科发展的。所以，那些承担着重要行业公益性研究和学科发展任务的研究所，不宜被撤并，也不宜转制成企业，已撤并或转制的应尽快恢复为独立的非营利研究所。二是保证农业科研单位的公益性特点。应该建立不同于基础性研究所、开发性研究所与中介机构的公益性研究所的管理办法与评价体系。三是完善农业科技创新体系建设。纵向（国家、省、市、县）与横向（科研、教学、推广）都应有明确分工与协作。如中国农业科学院以承担全局、重大和高新技术研究为主，应用基础研究占有较大比重，省级农业科学院以地区性应用技术研究为主，产业开发研究占有较大比例，市、县农业科学研究所以承接上级科技成果进行区域适应性评价为主，高等农业院校则以应用基础性研究为主。公益性科研单位应该成为推广单位的技术后盾，无偿转让成果。四是大幅度增加科研单位的事业费。人均事业费表面上有大幅度增长，但这是按精简后的创新编制计算的，只计算了约30%的在职人员，没有包括越来越多的离退休人员，更没有包括因科研任务增加而聘用的大量临时雇用人员。事业费应该保证在职与离退休人员的全部工资发放与行政开支需要，改变研究所依靠获取项目与进行技术开发来维持运转的现状。