北京水资源的平衡影响了周边地区的生态环境和经济发展。例如，张家口市为了节水并确保水源不受污染，近年来关停、压缩了300多家企业，每年减少产值100亿元。我国河流的上游地区往往是经济相对贫困、生态相对脆弱的区域，承担着经济发展和生态保护的双重压力。为保证流域水资源的可持续利用，上游地区均投入大量的人力、物力和财力开展生态建设和环境保护。由于生态保护压力大，流域上游地区经济落后，发展受到限制，形成了落后地区支持发达地区的局面。

生态保护存在的结构性政策缺位，特别是经济政策严重短缺，导致了受益者无偿占有生态效益、保护者得不到应有的经济激励、破坏者未能承担破坏生态的责任和成本、受害者得不到应有的经济赔偿。九三学社中央在提交全国政协十一届二次会议的提案中认为，尽快建立生态补偿机制的要求已成为一个重要问题。

提案建议，开展流域生态补偿，将生态补偿作为一种经济调节手段，从而调动地区生态保护的积极性。在条件成熟的地区尽快开展流域生态补偿试点，在京冀北流域和赣粤东江流域，本着“资源共享、成本共担、共同发展、和谐共处”的原则，建立上下游相关部门组成的生态补偿实施联席办公会，负责处理资源分配与生态补偿中的重大问题的协商。应加大中央财政转移支付力度，增加对生态脆弱和生态保护重点地区的支持力度，建立生态建设重点地区经济发展、农牧民生活水平提高和区域社会经济可持续发展的长效投入机制。同时，生态补偿标准应体现动态性，即每年根据经济发展实际情况对补偿标准进行动态核定。上游地区为进一步改善水环境质量和数量而新建生态保护项目、环境污染综合整治项目及水利设施等项目，由下游地区补偿上游地区一定的环境污染治理资金。